TissueEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.TissueEnrich

这是发展tissueenrichment版本;稳定版请参见TissueEnrich．

组织特异性基因富集分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

tissueenrichment包用于计算一组输入基因中组织特异性基因的富集。例如，用户可以从RNA-Seq数据中输入最高表达的基因，或者基因共表达模块，以确定哪些组织特异性基因在这些数据集中得到丰富。使用HPA算法(Uhlén et al. 2015)处理来自人类蛋白质图谱(HPA) (Uhlén et al. 2015)、GTEx (Ardlie et al. 2015)和小鼠ENCODE (Shen et al. 2012)的RNA-Seq数据来定义组织特异性基因。超几何测试被用于确定组织特异性基因是否在输入基因中富集。除了组织特异性基因富集，tissueenrichment包还可以用于从用户提供的表达数据集中定义组织特异性基因，然后可以用于计算组织特异性基因富集。

作者:Ashish Jain [aut, cre]， Geetu Tuteja [aut]

维护者:Ashish Jain < Jain at iastate.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("TissueEnrich")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TissueEnrich”)

超文本标记语言	R脚本	TissueEnrich
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，测序，软件
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)，捍卫者(> = 1.1.0版),ggplot2(> = 2.2.1),SummarizedExperiment(> = 1.6.5),GSEABase(> = 1.38.2)
进口	dplyr(> = 0.7.3),tidyr(>= 0.8.0)， stats
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	TissueEnrich_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	TissueEnrich_1.17.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	TissueEnrich_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TissueEnrich
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TissueEnrich
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TissueEnrich/
软件包下载报告	下载数据