depmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.depmap

癌症依赖图数据包

Bioconductor版本:发布(3.13)

depmap包是一个数据包，它使用ExperimentHub访问来自Broad研究所depmap癌症依赖研究的数据集。最新版本的数据集是可用的，包括RNAI和CRISPR-Cas9基因敲除筛选，定量选择癌细胞系的遗传依赖性。其他数据集也可用于选择细胞系的基因的日志拷贝数，通过逆相蛋白裂解微阵列(RPPA)测量的细胞系的蛋白质表达，“每百万转录本”(TPM)数据，以及包含元数据和当前版本中发现的其他数据集的突变调用的补充数据集。19Q3版本增加了drug_dependency数据集，其中包含有关药物和候选药物化合物的癌细胞系依赖数据。20Q2版本增加了蛋白质组学数据集，其中包含通过质谱法对蛋白质进行定量分析。该包将每季度更新一次，以纳入最新的Broad研究所DepMap公共癌症依赖数据集。本包中提供的所有数据均由博德研究所DepMap生成，用于研究目的，不打算用于临床使用。本数据遵循知识共享许可协议(Attribution 4.0 International (CC BY 4.0))发布。

作者:洛朗·加托(法国)、西奥·基利安(法国)

维护者:Laurent Gatto < Laurent。我想在uclouvain.be b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("depmap")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“depmap”)

超文本标记语言	R脚本	depmap
超文本标记语言	R脚本	详细描述用例
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文本		新闻

细节

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版本	1.6.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)，dplyr
进口	跑龙套,ExperimentHub，AnnotationHub
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，冬青，gridExtra，ggplot2，readr，宠物猫，stringr，tidyr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	depmap_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/depmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/depmap
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/depmap/
软件包下载报告	下载数据