GSEABENCHMARKER

doi：10.18129/b9.bioc.gseabenchmarker

可再现的GSEA基准测试

生物导体版本：版本（3.12）

GSEABENCHMARKER软件包实现了可再现的框架，用于对基于集合和网络的方法的可再现评估，用于富集基因表达数据。这包括使用标准工作站和机构计算机网格的并行计算，对这些方法有效执行的有效执行。然后，可以评估方法对所研究表型的运行时，统计显着性以及结果的相关性。

作者：路德维希·盖斯特林格[AUT，CRE]，Gergely Csaba [aut]，Mara Santarelli [CTB]，Lucas Schiffer [CTB]，Marcel Ramos [CTB]，Ralf Zimmer [aut]，Levi Waldron [aut] [aut]

维护者：hms.harvard.edu>的路德维格·盖斯林格

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gseabenchmarker”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ GSEABENCHMARKER”）

html	R脚本	可再现的GSEA基准测试
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.10.1
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（3年）
执照	艺术2.0
要看	生物酶，，，，总结性特征
进口	AnnotationDbi，，，，AnnotationHub，，，，Biocfilecache，，，，生物比较，，，，EDGER，，，，富集兄弟，，，，实验室，grdevices，图形，keggandmetacoredzpathwaysgeo，，，，keggdzpathwaysgeo， 方法，S4VECTORS，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/waldronlab/gseabenchmarker
BugReports	https://github.com/waldronlab/gseabenchmarker/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gseabenchmarker_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	gseabenchmarker_1.10.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	gseabenchmarker_1.10.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gseabenchmarker
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gseabenchmarker
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gseabenchmarker/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.12的旧源软件包	来源存档