版本0.1.25的变化-------------------------用户可见的重大变化。文档和小插图的变化。增加了新的功能，对基因名称和奇怪的外泌体提供了更多支持。0.1.11版本的变化-------------------------显著的用户可见的变化o代码中增加了并行化的可能性，在小插图和单个外显子基因的描述被恰当地忽略。版本0.1.10的变化-------------------------显著的用户可见的变化'estimateSizeFactors'和' estimate分散'函数添加为S4方法，在相同的R session中加载DESeq和DEXSeq时没有更多的问题了。版本1.3.2 -------------------------显著的用户可见的变化。增加了更多的选项和灵活性到“estimatelog2FoldChanges”。版本1.3.3 -------------------------显著的用户可见的变化。版本1.5.3中的变化:-------------------------用户可见的重大变化实现了TRT方法，针对大量样本没有完成或速度问题的人。版本1.5.3中的变化:-------------------------用户可见的重大变化:python脚本中添加了一个参数-r，允许用户忽略属于几个基因的外显子箱并单独处理这些基因，或者将这些基因合并为一个聚合基因。最后添加了python脚本的等效R实现。1.7.14版本中的更改-------------------------用户可见的重大更改。对小插图的更改提供了更多对工作流程的端到端描述。o修改函数名，现在将默认为两行表(TRT)而不是BM;改变小插图来反映这一点。 o Added appendix explaining TRT to vignette. CHANGES IN VERSION 1.9.7 ------------------------- SIGNIFICANT USER-VISIBLE CHANGES o Major code revisions: the ExonCountSet object was deprecated and substituted by the DEXSeqDataSet class, a subclass of the DESeqDataSet. o DEXseq now uses the DESeq2 package as internal engine and backbone for all analyses o All functions and methods for the ExonCountSet object were replaced by new functions o DEXSeq is now better integrated with other Bioconductor packages o We now use knitr to build the vignette CHANGES IN VERSION 1.17.28 ------------------------- o Added support for estimating fold change rates with continous variables. o Reduced RAM usage when parallelizing