Reactomepa

doi：10.18129/b9.bioc.reaeactomepa

这是发展Reactomepa的版本；对于稳定版本，请参阅Reactomepa。

Reactome途径分析

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包为基于Reactome Pathway数据库的途径分析提供了功能。它实现了富集分析，基因集富集分析和可视化的几种函数。

作者：广琴Yu [AUT，CRE]，Vladislav Petyuk [CTB]

维护者：gmail.com> guangchuang yu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ reactomeomepa”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ ReactOmePa”）

html	R脚本	R反应途径分析的R包装
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，基因烯，，，，多重组合，，，，途径，，，，Reactome，，，，软件，，，，可视化
版本	1.41.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（10年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 3.4.0）
进口	AnnotationDbi，，，，剂量（> = 3.5.1），富集，，，，GGPLOT2（> = 3.3.5），ggraph，，，，Reactome.db，，，，Igraph，，，，石墨
链接
建议	生物使用，，，，clusterProfiler，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，org.hs.eg.db，，，，Prettydoc，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/guangchuangyu/reactomepa/issues
取决于我	Maendtoend
进口我	生物加工者，，，，Epihet，，，，Exphuntersuite，，，，mirsponger，，，，多方，，，，皮革，，，，sctensor
建议我	Chipseeker，，，，Cindex，，，，clusterProfiler，，，，可乐，，，，格兰妮，，，，SCGPS
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	reactomepa_1.41.0.tar.gz
Windows二进制	reactomepa_1.41.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	reactomepa_1.41.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/reactomepa
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/reactomepa
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/reactomepa/
软件包下载报告	下载统计