Smite

doi：10.18129/b9.bioc.smite

这是发展Smite的版本；对于稳定版本，请参阅Smite。

基于显着性的模块集成了转录组和表观基因组

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包建立在Epimods框架上，该框架有助于使用Spinglass算法在Illumina Infinium 27K阵列上找到加权子网（“模块”），如IGRAPH软件包中实现。我们创建了与任何研究人员的p值和效应大小和得分相关的以基因为中心的注释，以查找功能模块。

作者：Neil Ari Wijetunga，Andrew Damon Johnston，John Murray Greally

维护者：neil ari wijetunga ，Andrew damon Johnston

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ smite”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Smite”）

PDF	R脚本	Smite教程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，基因数，，，，免疫学，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.25.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.5），基因组机
进口	秤，，，，plyr，，，，HMISC，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，GGPLOT2，，，，Reactome.db，，，，keggrest，，，，Bionet，，，，Goseq， 方法，iranges，，，，Igraph，，，，生物酶， 工具，S4VECTORS，，，，Genelendatabase，grdevices，图形，统计，utils
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/greallylab/smite
BugReports	https://github.com/greallylab/smite/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	smite_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	smite_1.25.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	smite_1.25.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/smite
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/smite
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/smite/
软件包下载报告	下载统计