击杀

DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE

整合转录组和表观基因组的显著性模块

Bioconductor版本:Release (3.15)

这个包建立在Epimods框架之上，该框架使用SpinGlass算法在Illumina Infinium 27k阵列上查找加权子网络(“模块”)，就像在iGraph包中实现的那样。我们创建了一类以基因为中心的注释，这些注释与p值、效应大小和来自任何研究人员先前统计结果的分数相关，以寻找功能模块。

作者:Neil Ari Wijetunga, Andrew Damon Johnston, John Murray Greally

维护者:Neil Ari Wijetunga ， Andrew Damon Johnston

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“击打”)

PDF	R脚本	击打教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，网络，NetworkEnrichment，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges
进口	尺度，plyr，Hmisc，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ggplot2，reactome.db，KEGGREST，生命网络，goseq、方法、IRanges，igraph，Biobase、工具、S4Vectors，geneLenDataBase， grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GreallyLab/SMITE
BugReports	https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SMITE_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	SMITE_1.24.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	SMITE_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SMITE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SMITE/
软件包下载报告	下载数据