序列分析的生物导体简介

用户!2014年,加州大学洛杉矶分校、美国、

2014-06-30 ~ 2014-06-30

教练

马丁•摩根
Sonali Arora

描述

DNA序列分析产生大量的数据提出具有挑战性的生物信息和统计问题。本教程介绍用于序列数据分析的Bioconductor包和工作流程。我们了解有效操作序列和校准的方法，并介绍常见的工作流程和独特的统计挑战与'RNAseq'，变体注释，和其他实验。重点是探索性分析和设计性实验的分析。研讨会强调在生物导体环境中的方向性;我们将接触到生物串，ShortRead，基因组范围，基因组排列，DESeq2，和变种注释，和其他包，用简短的练习来说明每个包的功能。

材料

在用户!2014。

目标

全面熟悉Bioconductor用于高通量序列分析的包，包括Bioconductor小插曲和类。
获得运行用于数据质量评估的生物信息工作流、RNA-seq差分表达式和操作各种调用格式文件的经验
认识范围和基于范围的操作对现代基因组分析的重要性
学习处理大数据的“最佳实践”
关键包:Biostrings,ShortRead,GenomicRanges,GenomicAlignments,DESeq2,VariantAnnotation。