## ----设置，回声=假-------------------------------------------- knitr :: Opts_chunk $ set（cache = true）## ---- deseq ------------------------------------------------------- - 要求（“deseq2”）要求（“甲状旁腺”）数据（“ParathyroidGenesse”）SE < - 甲状旁腺特异性Colnames（SE）< - SE $ RUN ## ---- DESEQ-PREP ---------------------------------------------------- DDSFULL < - DESEQDATASET（SE，Design =〜患者+治疗）DDSCollapsed < - 折叠事件（DDSFULL，GroupBy = DDSFULL $ SAMPLE，RUN = DDSFULL $ RUN）DDS < - DDSCOLLAPSED [，DDSCOLLAPSED $ TIME ==“48H”] DDS $ TIME < - DREPLEVES（DDS $ TIME）DDS $治疗< - 相关性（DDS $待遇，“控制”）## ---- DESEQ分析-------------------------------------------------------------- DDS < - DESQ（DDS）RES < - 结果（DDS，对比度= C（“处理”，“DPN”，“控制”））## ---- DESEQ-解释------------------------------------------------- - ressig < - res [哪个（res $ padj <0.1），]头（ressig [订单（ressig $ log2foldchange），]）＃＃---- deseq-ma -------------------------------------------------------------------------- plotma（res，ylim = c（-1,1））## ---- Deseq-Dispestest ----------------------------------------------------------------，DDS，Ylim = C（1E-6，1E1））＃＃---- deseq-stay ---------------------------------------------------神父（res $ pvalue，breaks = 40，col =“灰色”）