pRoloc

DOI:10.18129 / B9.bioc.pRoloc

这是发展pRoloc版本;稳定发布版本请参见pRoloc．

空间蛋白质组学的统一生物信息学框架

Bioconductor版本:开发(3.16)

pRoloc包实现了机器学习和可视化方法，用于定量质谱数据的分析和集成，以可靠地推断蛋白质亚细胞定位。

作者:劳伦特·盖托，奥利弗·克鲁克和丽莎·m·布雷克尔斯，托马斯·伯格和塞缪尔·维佐雷克为其提供了贡献

维护者:Laurent Gatto < Laurent。与在uclouvain.be >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("pRoloc")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“pRoloc”)

超文本标记语言	R脚本	空间蛋白质组学的迁移学习算法
超文本标记语言	R脚本	标注空间蛋白质组学数据
超文本标记语言	R脚本	使用pRoloc的贝叶斯空间蛋白质组学
超文本标记语言	R脚本	pRoloc中的机器学习技术
超文本标记语言	R脚本	利用pRoloc进行空间蛋白质组学数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		pRoloc, pRolocdata和pRolocGUI

细节

biocViews	分类，聚类，ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	1.37.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(9年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5),MSnbase(> = 1.19.20),MLInterfaces(> = 1.67.10)、方法Rcpp(> = 0.10.3),BiocParallel
进口	stats4,Biobase，mclust(> = 4.3),脱字符号，e1071，抽样，类，kernlab，晶格，nnet，randomForest，代理，模糊神经网络，hexbin，BiocGenerics统计数据,dendextend，RColorBrewer，尺度，质量，knitr，mvtnorm，LaplacesDemon，coda，mixtools，gtools，plyr，ggplot2，biomaRt， utils, grDevices，图形
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，rmarkdown，pRolocdata(> = 1.9.4),roxygen2，xtable，rgl，BiocStyle(> = 2.5.19),hpar(> = 1.15.3),dplyr，akima，字段，素食主义者，GO.db，AnnotationDbi，Rtsne(> = 0.13),nipals，重塑，魔法
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lgatto/pRoloc
BugReports	https://github.com/lgatto/pRoloc/issues
取决于我	bandle，pRolocGUI
进口我
建议我	MSnbase，pRolocdata，RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pRoloc_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	pRoloc_1.37.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pRoloc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pRoloc
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pRoloc/
包下载报告	下载数据