RforProteomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.RforProteomics

这是发展RforProteomics版本;稳定的发布版本,请参阅RforProteomics。

伙伴计划的“蛋白质组学数据分析使用R和Bioconductor”出版

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包包含代码演示了使用R和Bioconductor蛋白质组学数据分析”和“使用R和Bioconductor蛋白质组学数据的可视化”手稿。小插曲描述所需的代码和数据复制本文中描述的示例和数据和功能蛋白质组学可视化。它还包含各种功能为质谱和蛋白质组学发现R软件。

作者:Laurent与(aut (cre)塞巴斯蒂安·吉布(施),弗拉德Petyuk[所有],托马斯·皮德森林(施)

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“RforProteomics”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData,MassSpectrometryData,ReproducibleResearch
版本	1.35.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),MSnbase(> = 2.5.3)
进口	R.utils,biocViews,BiocManager
链接
建议	AnnotationDbi,rpx(> = 2.0.3),DT,knitr,rmarkdown,BiocStyle,mzR,xcms,msdata,等压线,MALDIquant(> = 1.12),MALDIquantForeign,readBrukerFlexData,Rdisop,OrgMassSpecR,SummarizedExperiment,大脑,的方式,hpar,GO.db,org.Hs.eg.db,e1071,biomaRt,RColorBrewer,ggplot2,reshape2,xtable,晶格,mzID,pRoloc,pRolocdata,MSnID,msmsTests,msmsEDA,部,corrplot,beanplot,Heatplus,gplots,维恩图,protViz,genefilter,情节,gridExtra,dplyr,lubridate,魔法,切肉刀
SystemRequirements
增强了
URL	http://lgatto.github.com/RforProteomics/
取决于我
进口我
建议我	MSstatsQC
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RforProteomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RforProteomics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RforProteomics/
包下载报告	下载数据