gcrisprtools

doi：10.18129/b9.bioc.gcrisprtools

这是发展Gcrisprtools的版本；对于稳定版本，请参阅gcrisprtools。

合并CRISPR屏幕QC和分析的功能套件

生物导体版本：开发（3.16）

一组用于评估汇总高通量筛查实验的工具，通常采用CRISPR/CAS9或SHRNA表达盒。包含在实验中询问库和盒式行为的方法，识别差异丰富的盒式录音带，汇总信号以识别候选目标的经验验证，假设测试和全面报告。2.0版将这些应用程序扩展到包括各种工具，用于在许多实验中进行背景化和集成信号，通过“ Sparrow”软件包结合了扩展信号富集方法，并简化了许多正式要求以帮助解释性。

作者：罗素·贝纳尔（Russell Bainer），达里乌斯·拉特曼（Dariusz Ratman），史蒂夫·利亚诺格洛（Steve Lianoglou），彼得·哈弗蒂（Peter Haverty）

维护者：Russell Bainer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ gcrisprtools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ gcrisprtools”）

html	R脚本	contast_comparisons_gcrisprtools
html	R脚本	example_workflow_gcrisprtools
html	R脚本	gcrisprtools_vignette
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，CRISPR，，，，细胞生物学，，，，差异性，，，，实验设计，，，，功能基因组学，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，正常化，，，，药物遗传学，，，，药物基因组学，，，，合并屏幕，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，回归，，，，软件，，，，系统生物学，，，，可视化
版本	2.3.1
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.1）
进口	生物酶，，，，林玛，，，，Robustrankaggreg，，，，GGPLOT2，，，，总结性特征， 网格，rmarkDown，grdevices，图形，方法，复杂的图像，统计，utils，并行
链接
建议	EDGER，，，，尼特，，，，AnnotationDbi，，，，org.mm.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，生物基因，，，，降价，，，，运行，，，，麻雀，，，，msigdbr，，，，fgsea
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gcrisprtools_2.3.1.tar.gz
Windows二进制	gcrisprtools_2.3.1.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	gcrisprtools_2.3.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcrisprtools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gcrisprtools
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gcrisprtools/
软件包下载报告	下载统计