fgsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.fgsea

这是发展fgsea版本;稳定版请参见fgsea．

快速基因集富集分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包实现了快速基因集富集分析的算法。使用快速算法可以进行更多的排列，并获得更细粒度的p值，这允许使用准确的标准方法进行多个假设修正。

作者:Gennady Korotkevich [aut]， Vladimir Sukhov [aut]， Nikolay Budin [ctb]， Alexey Sergushichev [aut, cre]

维护人员:Alexey Sergushichev

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("fgsea")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fgsea”)

超文本标记语言	R脚本	使用fgsea包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，通路，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.3)
进口	Rcpp，data.table，BiocParallel统计数据,ggplot2(> = 2.2.0),gridExtra、网格fastmatch，矩阵,跑龙套
链接	Rcpp，黑洞
建议	testthat，knitr，rmarkdown，reactome.db，AnnotationDbi平行,org.Mm.eg.db，limma，GEOquery
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/ctlab/fgsea/
BugReports	https://github.com/ctlab/fgsea/issues
全靠我	gsean，metapone，PPInfer
进口我	ASpediaFI，CelliD，CEMiTool，clustifyr，cTRAP，剂量，EventPointer，fobitools，lipidr，mCSEA，multiGSEA，纳米管，omicsViewer，phantasus，钢琴，RegEnrich，signatureSearch，ViSEAGO
建议我	Cepo，解耦，gCrisprTools，mdp，pareg，π，麻雀，ttgsea
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	fgsea_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	fgsea_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	fgsea_1.23.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fgsea
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/fgsea/
软件包下载报告	下载数据