SBGNview

DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview

这是发展SBGNview版本;稳定发布版本请参见SBGNview．

SBGNview: SBGN路径的数据分析、集成和可视化

Bioconductor版本:开发(3.16)

SBGNview是一个基于路径的数据可视化、集成和分析工具集。SBGNview与广泛使用的Pathview有相似和互补之处，主要有以下特点:通过被广泛采用的系统生物学图形符号(SBGN)定义路径;2.支持KEGG以外的多个主要路径数据库(Reactome, MetaCyc, SMPDB, PANTHER, METACROP)和用户自定义路径;3.默认覆盖5200条参考路径，3000多个物种;4.广泛的图形控制，包括字形和边缘属性，图形布局和子路径突出显示;5. SBGN pathway data manipulation, processing, extraction and analysis.

作者:董晓西*，Kovidh Vegesna*，罗维军

维护者:Weijun Luo < Luo _weijun at yahoo.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SBGNview")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SBGNview”)

超文本标记语言	R脚本	使用SBGNview基因集进行通路分析
超文本标记语言	R脚本	快速启动SBGNview
超文本标记语言	R脚本	SBGNview功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GeneTarget，遗传学，GraphAndNetwork，代谢组学，微阵列，通路，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，可视化
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.6),pathview，SBGNview.data
进口	Rdpack， grDevices，方法，统计，效用，xml2，rsvg，igraph，rmarkdown，knitr，SummarizedExperiment，AnnotationDbi，httr，KEGGREST，bookdown
链接
建议	testthat，计
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/datapplab/SBGNview
BugReports	https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SBGNview_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	SBGNview_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SBGNview_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SBGNview_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SBGNview
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SBGNview/
包下载报告	下载数据