sbgnview

doi：10.18129/b9.bioc.sbgnview

“ SBGNVIEW：SBGN途径上的数据分析，集成和可视化”

生物导体版本：版本（3.15）

SBGNView是用于基于途径的数据视觉化，集成和分析的工具集。SBGNView与广泛使用的PathView相似，具有以下关键特征：1。通过广泛采用的系统生物学图形符号（SBGN）的途径定义；2.支持KEGG（Reactome，Metacyc，SMPDB，Panther，Metacrop）和用户定义的途径以外的多个主要途径数据库；3.覆盖5,200条参考途径，默认情况下有3,000多种；4.广泛的图形控件，包括字形和边缘属性，图形布局和子路径亮点；5. SBGN途径数据操作，处理，提取和分析。

作者：Xiaoxi Dong*，Kovidh Vegesna*，Weijun Luo

维护者：weijun luo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ sbgnview”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ sbgnview”）

html	R脚本	使用SBGNVIEW基因集的途径分析
html	R脚本	快速启动SBGNVIEW
html	R脚本	sbgnview函数
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	AGPL-3
要看	r（> = 3.6），PathView，，，，sbgnview.data
进口	rdpack，grdevices，方法，统计，utils，XML2，，，，RSVG，，，，Igraph，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，总结性特征，，，，AnnotationDbi，，，，httr，，，，keggrest，，，，预订
链接
建议	测试，，，，量规
系统要求
增强
URL	https://github.com/datapplab/sbgnview
BugReports	https://github.com/datapplab/sbgnview/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sbgnview_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	sbgnview_1.10.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sbgnview_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sbgnview
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sbgnview
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sbgnview/
软件包下载报告	下载统计