首页
帮助
课程和会议
2014
用于高通量序列分析的生物导体简介

用于高通量序列分析的生物导体简介

美国西雅图

2014-02-27 ~ 2014-02-28

教练

Sonali Arora
纳撒尼尔·海登
马丁•摩根
Herve页面
马克·卡尔森
瓦莱丽Obenchain
丹特南鲍姆
保罗·香农

描述

生物导体用于序列分析的介绍介绍了具有一些R经验的用户，特别是高通量序列数据的工作。第一天开发核心R和生物导体概念，用于处理大型和复杂的数据。参与者将熟悉数据类、包、脚本和编程概念，这对Bioconductor的通用和集成工作流程很重要。第二天将把这些技能用于RNAseq差异表达数据的分析，包括初始质量评估、预处理、差异表达、注释和可视化。这门课程包括演讲和实践练习的结合;参加者应准备一台可无线上网的现代笔记本电脑。

材料

下载并安装软件包(包含所有材料)，用于R-3.1.0 / Bioconductor 2.14。

BiocIntro_0.0.4.tar.gz

安装课程包

source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") dependencies <- c("Biostrings"， "ShortRead"， "ggplot2")

可以选择安装建议的包(在练习中使用)

<- c("BiocStyle"， "knitr"， "AnnotationHub"， " bsgenome . haspien . ucsc . " bsgenome . haspien . ucsc . "hg19”，“BiocParallel”，“Biostrings”，“genome alignments”，“genome features”，“genome ranges”，“Gviz”，“IRanges”，“PSICQUIC”，“RNAseqData.HNRNPC.bam”。chr14”、“TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene”，“VariantAnnotation”，“biomaRt”，“knitr”，“org.Hs.eg.db”，“parallel”，“rtracklayer”)

通过以下文件探索材料:

介绍