％\ vignetteengine {knitr :: knitr}％\ vignetteIndexentry {07。注释和可视化} \ DocumentClass {文章} < > = Biocstyle :: LaTex（）库（KNITR）OPTS_CHUNK $ SET（Cache = True，TIDY = FALSE）@ \ title {序列数据的可视化} \作者{sonali arora \ socknote {\ url {sarora@fhcrc.org}}} \日期{2014年2月27日27日} \ begin {document} \ maketitle \ tableofcontents \ section {Visualization} R有一些很好的可视化包;在这里，我们快速浏览用于序列数据的可视化设施，使用\ Biocpkg {GVIZ} \ biocpkg {gviz}包以更加或不那么熟悉的“轨道”格式组织的非常优雅的数据。以下练习通过GVIZ用户指南第2. \ TextBF {练习：\ biocpkg {gviz}可视化}加载GVIZ包和包含CpG岛的基因组坐标的样本调格。使用关于数据的染色体和基因组的信息创建几个变量（如何从CPGISLANDS对象中提取此信息？）。< > =库（GVIZ）数据（CPGIZ）CHR < - “CHR7”Genome < - “HG19”@基本思想是创建一个曲目，或许具有附加属性，并绘制它。有不同类型的曲目，我们一次创建这些。我们从一个简单的注释轨道开始< > = atrack < - AnnotationTrack（CPGISLANDS，Name =“CPG”）Plottracks（ATRACK）@然后添加代表基因组坐标的轨道。绘制时曲目在绘制时组合为简单列表。轨道的垂直排序由它们在列表中的位置确定。< > = gtrack < - genomeaxistrack（）plottracks（list（gtrack，atrack））@我们可以添加表示提供总体方向。。。< > = ITRACK < - IDEGraphyTRACK（Genome = Genome，Chromosome = Chr）栅格（列表（ITRACK，GTRACK，ATRACK））@和更精细的基因模型，作为数据。具有特定元数据专栏的帧或格兰语对象。< > =数据（GeneModels）Grtrack < - GeneregionTrack（基因态= Genome，Chromosome = Chr，名称=“基因模型”）曲目< - List（Itrack，Gtrack，Atrack，Grtrack）Plottracks（曲目）@缩放更改Ifefogo上的位置盒< > = Plottracks（轨道，从= 2.5E7，to = 2.8e7）@ zoomed时，我们可以添加序列数据< > =库（BSGenome.hsapiens.ucsc.hg19）Strack < - SequenceTrack（Hsapiens，Chromosome = Chr）Plottracks（c（轨道，串），from = 26450430，to = 26450490，cex = .8）@作为gviz小插图谦卑地说，“到目前为止，我们已经复制了一系列其他基因组浏览器工具的功能。我们希望能够将数据集成到这些地块中，具有丰富的策划选项。关键是数据划分功能，我们用一些模拟数据演示< > = ##一些数据LIM < - C（26700000,26900000）COORDS < - SEQ（LIM [1]，LIM [2]，101）DAT < - RUNIF（长度（COORS） - 1，min = -10，max= 10）## DataTrack Dtrack < - Datatrack（Data = DAT，START = Coords [-Length（Coords）]，END = COORS [-1]，染色体= CHR，Genome = Genome，名称=“均匀随机”）绘图（C（曲目，DTRACK））@“GVIZ Vignette”第4.3节示出了数据轨道的可维护性。\结束{Document}