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2014年
基因组生物学的计算统计（CSAMA）

基因组生物学的计算统计（CSAMA）

意大利Brixen-Bressanone

2014-06-22〜2013-06-28

教师

马丁摩根，弗雷德·哈钦森癌症研究中心（美国）
罗伯特绅士，Genentech（美国）
Vincent J. Carey，Channing Laboratory，Harvard Medical School（美国）
Wolfgang Huber，欧洲分子生物学实验室（DE）
Simon Anders，欧洲分子生物实验室（DE）
剑桥大学（英国）Laurent Gatto
Michael Lawrence，Genetech（美国）

描述

这项一周的强化课程教导了对生物学大规模实验的统计和计算分析中的目前的方法。该课程侧重于高通量测序实验的下游分析方法，包括RNA测序（差异表达），DNA测序（变体呼叫），芯片SEQ。讲座还涵盖了必需品，包括统计测试，线性模型，机器学习，可视化和生物信息诠释。强调使用来自Biocumond，Cran和其他项目的开源软件进行实际问题解决技巧。该课程适用于具有基本熟悉实验技术和基因组生物学的研究人员，并且有兴趣使用脚本环境开发自己的高级数据分析。该课程的四个实际会议将需要在计算机语言R中的简单脚本理解。将提供关于所需的更高级功能的教程，建议学生预先熟悉R的基础知识。（考虑众多在线资源或书籍之一，例如，来自R项目的R-Intro，R-StudioGermánRodríguez。

材料

星期一，6月22日

早上谈话

PDF.R和Biocumon介绍
PDF.高吞吐量测序技术的基础知识和短读对齐器
PDF.统计元素1：T检验和线性模型
PDF.统计元素2：多次测试，虚假发现率，独立过滤

下午的实验室

压缩r简介/修复：数据类型，读写文件和电子表格，绘图，编程，功能和包。
PDF.R.探索性数据分析和可视化（PDF.解决方案）

HTML.R.中间R 1：访问资源 - 软件包，类，方法和有效代码。下载中间体1_1.0.0.tar.gz.并安装为：

源（“http://biocondudard.org/bioclite.r”）bioclite（c（“陨石形”，“genomicranges”，“microbenchmark”））install.packages（“介于intermedter1_1.0.0.tar.gz”，Repos = null，type =“source”）

PDF.R.中间R 2：可扩展/性能计算。（某些此实验室所需的大文件不可用于下载）。下载csama2014calablecomputinglab_0.0.1.tar.gz.并安装为：

来源（“http://biocondudard.org/bioclite.r”）Bioclite（C（“绞喉”，“基因组织”，“RsamTools”，“Shortread”，“Rtracklayer”，“Genomicaligning”，“GeoQuery”，“GeoQuery”，Microbenchmark“，”Biocomallel平行“，”ggbio“，”biobase“，”genomicfiles“））install.packages（”csama2014calablecomputinglab_0.0.1.tar.gz“，repos = null，type =”source“）