## org软件包EXSIDS < - C（“ENSG00000130720”，“ENSG00000156414”，“ENSG00000144644”，“ENSG00000159307”，“ENSG00000144485”）库（ORG.HS.EG.DB）KEYTYPES（ORG.HS.EG.db）列（org.hs.eg.db）cols < - c（“符号”，“genename”）选择（org.hs.eg.db，keys = sensids，columns = cols，keytype =“ensembl”）##注释Deseq的结果'对象库（Deseq2）加载（“〜/ bressanone2014 / packages / morgan2014 / inst / script / deseq-res.rda”）库（org.hs.eg.db）符号= select（org。hs.eg.db，rownames（res），“符号”，“ensembl”）res $ symbol = splitaslist（符号$符号，符号$ ensembl）[Rownames（Res）] Res ## BRCA1 - 序列库（org.hs.eg.db）EID < - 选择（org.hs.eg.db，“brca1”，“EntrezID”，“符号”）[[“ENTREZID”]库（TXDB.HSAPIENS.UCSC.HG19。认识）TXDB < - TXDB.hsapiens.ucsc.hg19.kceneC.HG19.knowngene TxID < - 选择（TXDB，EID，“TXName”，“GeneID”）[[TxName“）CD < - CDSBy（TXDB，By =”TX“，使用.names = true）brca1cds < - cds [cds（cds）％在％txid]库（gviz）plottracks（list（genomeaxistrack（），AnnOTationTrack（BRCA1CD））库（BSGENOME.HSAPIENS.CUCSC.HG19）基因组< - BSGENOME.HSAPIENS.CUCSC.HG19 TX_SEQ < - AIZHSTRANSCRICTSEQS（基因组，BRCA1CDS）TX_SEQ ## BIOMART库（BIOMART）头（ListMarts（），3）##列出MARTS头（ListDatasets（USEMART（“EnsemBl）），3）## Mart DataSets Ensembl < - ##完全指定的Mart Usemart（”ensembl“，dataset =”hsapiens_gene_ensembl“）头（listfilters（ensembl），3）##过滤MyFilter < - “Chromosome_name”Substr（FilterOptions（MyFilter，Enembl），1,50）##返回值MyValues < - C（“21”，“22”）头（ListAttributes（Ensembl），3）##属性myattributes < - c（“ensembl_gene_id”，“chromosome_name”）##汇编和查询Mart Res < - GetBm（属性= MyAttributes，Filters = MyFilter，Value = MyValues，Mart = Enembl）