DiffBind

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiffBind

ChIP-Seq峰值数据的差异绑定分析

生物导体版本:发布(3.12)

使用亲和(定量)数据从多个ChIP-seq实验中计算差异绑定的站点。还支持占用(重叠)分析和绘图功能。

作者:Rory Stark [aut, cre] Gord Brown [aut]

维护者:罗里·斯塔克<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DiffBind")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DiffBind”)

PDF	R脚本	DiffBind: ChIP-Seq峰值数据的差异绑定分析
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	3.0.15
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),GenomicRanges,SummarizedExperiment
进口	RColorBrewer,北极监测和评估方案,gplotsgrDevices,limma,GenomicAlignments,locfit,统计,跑龙套,IRanges,晶格,systemPipeR、工具、Rcpp,dplyr,ggplot2,BiocParallel平行,S4Vectors,Rsamtools(> = 2.0),DESeq2、方法、图形ggrepel,apeglm,ashr,GreyListChIP
链接	Rhtslib(> = 1.15.3),Rcpp
建议	BiocStyle,testthat,xtable
SystemRequirements	GNU使
增强了	rgl,XLConnect,刨边机,csaw,BSgenome,GenomeInfoDb
URL	https://www.cruk.cam.ac.uk/core-facilities/bioinformatics-core/software/diffbind
取决于我	ChIPQC,火神
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DiffBind_3.0.15.tar.gz
Windows二进制	DiffBind_3.0.15.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DiffBind_3.0.15.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiffBind
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DiffBind
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DiffBind/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档