missMethyl

DOI:10.18129 / B9.bioc.missMethyl

这是发展mismethyl版本;稳定版请参见missMethyl．

分析Illumina人类甲基化珠片数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

归一化、差异变异性和差异甲基化测试以及Illumina Infinium人类甲基化阵列数据的基因集测试。归一化过程是数组内的子分位数归一化(SWAN)，它允许在单个数组上的Infinium I和II类型探针一起归一化。差异可变性的检验是基于Levene检验的经验贝叶斯版本。差异甲基化测试使用RUV进行，它可以通过使用负控制探针来调整高维数据中未知来源的系统误差。基因本体分析通过考虑阵列上每个基因的探针数量，以及考虑多基因相关的探针来进行。

作者:Belinda Phipson和Jovana Maksimovic

维护者:Belinda Phipson < Belinda。phipson在petermac.org>， Jovana Maksimovic < Jovana。maksimovic at petermac.org>， Andrew Lonsdale < Andrew。Lonsdale在petermac.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("missMethyl")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“missMethyl”)

超文本标记语言	R脚本	missMethyl:分析Illumina人类甲基化珠片数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GenomicVariation,MethylationArray,归一化,软件
版本	1.31.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.0)，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
进口	AnnotationDbi,BiasedUrn,Biobase,BiocGenerics,GenomicRanges,GO.db,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,IRanges,limma、方法、methylumi,minfi,org.Hs.eg.db,ruv,S4Vectors,statmod,stringr,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,刨边机,knitr,minfiData,rmarkdown,tweeDEseqCountData,DMRcate,ExperimentHub
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	methylationArrayAnalysis
进口我	冠军,DMRcate,餐,methylGSA
建议我	RnBeads
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	missMethyl_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	missMethyl_1.31.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	missMethyl_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missMethyl
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ miss甲基
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/missMethyl/
软件包下载报告	下载数据