结论

doi：10.18129/b9.bioc.conclus

这是发展结论的版本；对于稳定版本，请参阅结论。

SCRNA -SEQ工作流程结论 - 从共识簇到有意义的结论

生物导体版本：开发（3.16）

结论是一种鲁棒聚类和阳性标记特征单细胞RNA-SEQ（SC-RNA-SEQ）数据集的工具。它利用了一种共识聚类方法，该方法极大地简化了为用户的SC-RNA-seq数据分析。值得注意的是，结论不涵盖下一代测序后获得的测序文件的预处理步骤。结论被组织到以下步骤中：生成多个T-SNE图，其中包含一系列参数，包括从PCA提取的不同基因选择。使用具有噪声（DBSCAN）算法的应用基于密度的空间聚类，以在每个生成的T-SNE图中的簇中iDentifation。所有DBSCAN结果都合并为单元相似矩阵。细胞相似性矩阵用于定义“共识”簇保守先前定义的聚类溶液。识别每个同源簇的标记基因。

作者：Ilyess Rachedi [Cre]，Nicolas Descostes [aut]，Polina Pavlovich [aut]，Christophe Lancrin [aut]

维护者：gmail.com上的iyess rachedi

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“结论”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	Atacseq，，，，分类，，，，聚类，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，技术
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，dbscan，，，，FPC，，，，事实，，，，生物酶，，，，Biocfilecache， 平行，多帕尔，，，，foreach，，，，总结性特征，，，，Biomart，，，，AnnotationDbi， 方法，dplyr，，，，斯克兰，，，，评分，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，Singlecellexperiment，统计，utils，秤，grdevices，图形，RTSNE，，，，地球，，，，clusterProfiler，，，，Stringr， 工具，rlang
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，S4VECTORS，，，，矩阵，，，，DynamiCtreCut，，，，测试
系统要求
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构建报告

包装档案

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源包
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/conclus
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/结论
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/conclus/
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