这是发展Pigengene的版本;对于稳定版本,请参阅皮革。
生物导体版本:开发(3.16)
Pigengene软件包提供了一种从基因表达曲线中推断生物学特征的有效方法。签名独立于基础平台,例如,输入可以是微阵列或RNA SEQ数据。它甚至可以使用来自一个平台的数据来推断签名,然后对其进行评估。Pigengene使用共表达网络分析识别高度共表达基因的模块(簇),总结了概念中每个模块的生物学信息,了解一个模拟模块之间概率依赖性的贝叶斯网络,并基于征粒的表达来建立概率的依赖性。。
作者:Habil Zare,Amir Foroushani,Rupesh Agrahari,Meghan Short,Isha Mehta和Neda Emami
维护者:Habil Zare
引用(从r内,输入引用(“ Pigengene”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ pigengene”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Pigengene”)
R脚本 | PIGENGENE:计算和使用特征根 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 生物医学信息学,,,,分类,,,,聚类,,,,决策树,,,,维度,,,,基因表达,,,,GraphandNetwork,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,网络,,,,网络引导,,,,正常化,,,,委托人,,,,rnaseq,,,,软件,,,,系统生物学,,,,转录组学 |
版本 | 1.23.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.4(R-3.3)(5。5年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | r(> = 4.0.3),图形,,,,生物使用(> = 2.18.1) |
进口 | Bnlearn(> = 4.7),C50(> = 0.1.2),大量的,,,,矩阵,,,,PANTYKIT,,,,rgraphviz,,,,WGCNA,,,,go.db,,,,算,,,,预处理,grdevices,图形,统计,utils,并行,pheatmap(> = 1.0.8),dplyr,,,,gdata,,,,clusterProfiler,,,,Reactomepa,,,,GGPLOT2,,,,OpenXLSX,,,,DBI,,,,剂量 |
链接 | |
建议 | org.hs.eg.db(> = 3.7.0),org.mm.eg.db(> = 3.7.0),Biomart(> = 2.30.0),尼特,,,,AnnotationDbi,,,,活力 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | Pigengene_1.23.0.tar.gz |
Windows二进制 | Pigengene_1.23.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | Pigengene_1.23.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pigengene |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/pigengene |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/pigengene/ |
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