使用R / Bioconductor进行序列分析(中级课程)

美国西雅图

2015-04-06 ~ 2015-04-07

教练

• Sonali Arora
• 纳撒尼尔·海登
• 吉姆·海丝特
• 马丁•摩根
• Herve页面
• 马克·卡尔森
• 瓦莱丽Obenchain
• 丹特南鲍姆
• 保罗·香农

描述

这个中级课程是专为个人舒适地使用R，并有一些熟悉的Bioconductor。它由大约相等的部分讲座和实践会议解决使用Bioconductor软件分析和理解高通量序列和相关数据。具体主题包括使用中心Bioconductor课程(如GRanges, summarizedexperment)， RNASeq基因差异表达，ChIP-seq和甲基化工作流程，管理和综合分析不同高通量数据类型的方法，以及处理大数据的策略。参加者必须携带一台可以无线上网的笔记本电脑和最新版本的Chrome或Safari网络浏览器。

材料

课程包

为本课程启动Amazon Machine Image (AMI):

• 创建Amazon Web Services (AWS)帐户如果你还没有的话。
• 启动实例ami - 705 b6718;看到文档的。确保你的安全组端口80可访问。
• 将实例的公共DNS名称粘贴到web浏览器中。
• 使用用户名登录RStudioubuntu和密码bioc。
• 一定和终止您的实例当您使用完毕时，以避免过度收费。

使用R / Bioconductor进行序列分析

Fred Hutchinson癌症研究中心，西雅图，西华州
2015年4月6日至7日

时间表

第一天(9:00 - 12:30;下午1:30 - 5:00)

• 答:介绍。Bioconductor以及工作流程的排序
• b基因组范围。与基因组范围和其他Bioconductor数据结构(例如GenomicRanges。包)。
• C.差异基因表达。RNA-Seq已知基因差异表达DESeq2和刨边机。
• d .机器学习。
• E.基因集合富集。

第2天(9:00 - 12:30;下午1:30 - 5:00)

• f . ChIP-seqChIP-seq与csaw
• g .甲基化监管工作与minfi。
• H.综合数据分析——新兴的方法
• 一、大数据-高效，并行，和云编程BiocParallel,GenomicFiles，以及其他资源。