Martin Morgan,Sonali Arora
2015年2月3日
RNA-SEQ差异表达基因
Genomicranges :: SummarizeOverlaps()
或外部工具,使用基因模型TXDB。*
包或GFF / GTF文件。最终结果:计数矩阵。RNA-SEQ差异表达的已知和新颖成绩单
生物老师选项
单细胞表达
看到我最近的幻灯片概述芯片SEQ和相关生物体软件。
减少
分析与理解
实验设计
分析
减少
Genomicranges :: Tilegenome()
和基因组夫妇。分析与理解
查看迈克尔劳伦斯的变体呼叫Varianttools.。和val obenchain的操作和注释称为变体VariantAnnotation.。
对齐:需要有效的对齐器;BWA.那GMAP.,......
减少:通常用于VCF文件总结变体和/或人口级别变化。加泰克和其他非R.常用的工具。
分析与理解
看短片介绍和实验室以Illumina 450K甲基化阵列为中心Minfi.包裹。
减少:预处理(例如,编织在一起重叠的配对端读数)和第三方软件的分类分类/放置,例如,齐倍那PPLACER.。最终结果:计算每个样本中不同分类群的尺寸表。
分析:R./生物体微阵列/ RNA-SEQ分析的许多见解非常适合于计数表,但常见的管道已经重新设计,或者被剥夺了车轮。