Bioconductor版本:释放(3.13)
从NCBI DBSNP构建中提取的SNP位置和同性恋者的等位基因144.在2015年5月29日至30日,NCBI创建了用于此包的源数据文件,并包含映射到参考基因组GCH37.P13的SNP。警告:请注意,GRCH37.P13 Genome是GRCH37的修补版本。然而,贴片不会改变染色体1-22,x,y,mt。GRCH37本身与来自UCSC *的HG19基因组相同,除了线粒体染色体之外。因此,该包装中的SNP可以在bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19中“注入”,它们将在正确的位置降落,但该喷射将排除CHRM(即,没有任何内容注入该序列)。
作者:HervéPagès
维护者:H.Pagès
引文(从R内,输入引文(“snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
if(!quancanamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37”)
对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放。
PDF. | 参考手册 |
Biocviews. | 2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 |
版本 | 0.99.20 |
执照 | 艺术-2.0 |
依靠 | bsgenome.(> = 1.43.4) |
进口 | 方法,Utils,生物根系那S4Vectors.那绞喉那Genomeinfodb.那Genomicranges.那bsgenome. |
链接到 | |
建议 | 生物仪器那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19 |
系统要求 | |
加强 | |
URL. | |
取决于我 | EQTL. |
进口我 | 嗯 |
建议我 | 等位基因矛纪那基因组织那mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5.那mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5.那mafdb.gnomad.r2.1.hs37d5.那mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5.那mafdb.topmed.freeze5.hg19.那mungesumstats.那变型滤波器那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37. |
链接给我 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。
源包 | snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37_0.99.20.tar.gz. |
Windows二进制文件 | |
Macos 10.13(高塞拉) | |
包短网址 | https://biocumon.org/packages/snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37/ |
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