VariantFiltering

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantFiltering

编码和非编码遗传变异的过滤

生物导体版本:发布(3.12)

使用不同的标准筛选遗传变异，如遗传模型、氨基酸变化后果、人类群体中的次要等位基因频率、剪接位点强度、保存等。

作者:Robert Castelo [aut, cre]， Dei Martinez Elurbe [ctb]， Pau Puigdevall [ctb]， Joan Fernandez [ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。在upf.edu castelo >

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PDF	R脚本	VariantFiltering:过滤编码和非编码遗传变异
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.25.1),VariantAnnotation(> = 1.13.29)
进口	跑龙套,统计数据,Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),RBGL,图,AnnotationDbi,BiocParallel,Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.3.6),GenomicRanges(> = 1.19.13),SummarizedExperiment,GenomicFeatures,Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome,GenomicScores(> = 1.0.0),Gviz,闪亮的,shinythemes,shinyjs,DT,shinyTree
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	RUnit,BiocStyle,org.Hs.eg.db,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,phastCons100way.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues
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进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	VariantFiltering_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	VariantFiltering_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantFiltering
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantFiltering
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantFiltering/
包下载报告	下载数据