universalmotif

DOI:10.18129 / B9.bioc.universalmotif

导入、修改和出口图案与R

Bioconductor版本:版本(3.13)

允许使用的最常见的主题类型导入R函数提供的其他Bioconductor motif-related包。图案可以导出为最主要的主题从不同的类所定义的其他格式Bioconductor包。一套包括主题和序列操作和分析功能,包括浓缩、比较,假定值计算,洗牌,修剪,高阶主题等等。

作者:本杰明- Tremblay (aut (cre),斯宾塞Nystrom(施)

维护人员:本杰明- Tremblay <本杰明。加拿大在uwaterloo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“universalmotif”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“universalmotif”)

PDF	R脚本	介绍“universalmotif”
PDF	R脚本	介绍了序列图案
PDF	R脚本	主题和假定值的比较
PDF	R脚本	主题进口、出口和操纵
PDF	R脚本	序列操作和扫描
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	方法、统计跑龙套,质量,ggplot2,yaml,IRanges,Rcpp,Biostrings,BiocGenerics,S4Vectors,rlang、网格
链接	Rcpp,RcppThread
建议	拼写,knitr,bookdown,TFBSTools,rmarkdown,MotifDb,testthat,BiocParallel,seqLogo,motifStack,dplyr,猿,ggtree,processx,ggseqlogo,cowplot,GenomicRanges,ggbio
SystemRequirements
增强了	PWMEnrich,rGADEM
URL	//www.andersvercelli.com/packages/universalmotif/
BugReports	https://github.com/bjmt/universalmotif/issues
取决于我
进口我	circRNAprofiler,模因
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	universalmotif_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	universalmotif_1.10.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	universalmotif_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/universalmotif
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ universalmotif
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/universalmotif/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.13源码包	源存档