TVTB

DOI:10.18129 / B9.bioc.TVTB

TVTB: VCF工具箱

Bioconductor版本:发行版(3.13)

该软件包提供了S4类和方法来过滤、总结和可视化存储在VCF文件中的遗传变异数据。特别地，这个包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义适用于VCF对象的各种槽位的过滤规则的新闻类。功能集成和演示在一个闪亮的web应用程序，闪亮变体浏览器(tSVE)。

作者:Kevin Rue-Albrecht

维护人员:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager" BiocManager::install("TVTB")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“TVTB”)

超文本标记语言	R脚本	TVTB简介
超文本标记语言	R脚本	闪亮的变种探险者
超文本标记语言	R脚本	VCF滤波规则
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.18.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法，utils, stats
进口	AnnotationFilter，BiocGenerics(> = 0.25.1),BiocParallel，Biostrings，ensembldb，ensemblVEP，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GGally，ggplot2，Gviz，limma，IRanges(> = 2.21.6),reshape2，Rsamtools，S4Vectors(> = 0.25.14),SummarizedExperiment，VariantAnnotation(> = 1.19.9)
链接
建议	EnsDb.Hsapiens.v75(> = 0.99.7),闪亮的(> = 0.13.2.9005),DT(> = 0.1.67),rtracklayer，BiocStyle(> = 2.5.19),knitr(> = 1.12),rmarkdown，testthat，covr，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/TVTB
BugReports	https://github.com/kevinrue/TVTB/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	TVTB_1.18.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	TVTB_1.18.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/TVTB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TVTB
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TVTB/
软件包下载报告	下载数据