hgu133plus2CellScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.hgu133plus2CellScore

CellScore标准细胞类型表达数据集[hgu133plus2]

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CellScore标准数据集包含来自各种人类细胞和组织的表达数据，在计算CellScore时应将其用作标准细胞类型。所有数据都来自Gene Expression Omnibus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)或ArrayExpress (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)等公共数据库。本标准数据集仅包含Affymetrix GeneChip人类基因组U133 Plus 2.0微阵列的数据。使用数据库信息或参考数据集来源的出版物手动注释样本。示例注释存储在expressionSet对象的phenoData插槽中。使用affy包处理原始数据(CEL文件)以生成当前/缺席调用(mas5calls)和背景减去值，然后由r包yugene进行归一化，以生成标准表达式矩阵的最终表达式值。微阵列的注释表从BioC注释包hgu133plus2中检索。所有数据都存储在一个expressionSet对象中。

作者:Nancy Mah, Katerina Taskova

维护者:Nancy Mah < Nancy .l。我在googlemail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("hgu133plus2CellScore")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“hgu133plus2CellScore”)

PDF	R脚本	R包:hgu133plus2CellScore
PDF		参考手册

细节

biocViews	ArrayExpress，ExperimentData，ExpressionData，地理，基因组，Homo_sapiens_Data，MicroarrayData
版本	1.18.0
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	Biobase(> = 2.39.1)
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	CellScore
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	hgu133plus2CellScore_1.18.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hgu133plus2CellScore
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hgu133plus2CellScore
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/hgu133plus2CellScore/
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