Simplesinglecell

doi：10.18129/b9.bioc.simplesinglecell

这是发展Simplesinglecell的版本；对于稳定版本，请参阅Simplesinglecell。

分步工作流，用于使用生物导体对单细胞RNA-seq数据进行低水平分析

生物导体版本：开发（3.16）

曾经是一个骄傲的工作流程包，现在是其以前的自我的外壳。它的几乎所有内容都被蚕食，用于“使用生物导体进行单细胞分析”，网址为https://osca.bioconductor.org。这里的大多数小插曲都保留了曾经荣耀的提醒，也为与相关OSCA书籍章节的现有外部链接提供了重定向。

作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Davis McCarthy [AUT]，John Marioni [AUT]

维护者：aaron lun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ simplesinglecell”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ simplesinglecell”）

html		01.简介
html		02.读取计数数据
html		03. UMI计数数据
html		04.基于液滴的数据
html		05.纠正批处理效果
html		06.质量控制详细信息
html		07.尖峰归一化
html		08.检测双重球
html		09.高级方差建模
html		10.检测差分表达
html		11.高级批化校正
html		12.大数据的可伸缩性
html	R脚本	13.进一步的分析策略

细节

生物浏览	Immunooncologyworkflow，，，，SingleCellworkFlow，，，，工作流程
版本	1.21.0
执照	艺术2.0
要看
进口	UTIT，方法，尼特，，，，callr，，，，rmarkDown，，，，编码，，，，生物使用
链接
建议	readxl，，，，r.utils，，，，Singlecellexperiment，，，，评分，，，，斯克兰，，，，林玛，，，，Biocfilecache，，，，org.mm.eg.db
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/simplesinglecell/
取决于我
进口我
建议我
链接到我

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	simplesinglecell_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplesinglecell
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/simplesinglecell
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/simplesinglecell/
软件包下载报告	下载统计