RnaSeqGeneEdgeRQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnaSeqGeneEdgeRQL

这是发展RnaSeqGeneEdgeRQL版本;稳定发布版本请参见RnaSeqGeneEdgeRQL．

使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因级RNA-seq差异表达和通路分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

该工作流包通过其小插图提供了使用Rsubread和edgeR包的RNA-Seq实验的完整案例研究分析。工作流从读取对齐开始，继续到数据探索，到差分表达式，最后到路径分析。分析包括发表质量图，GO和KEGG分析，以及先前实验生成的表达签名分析。

作者:陈云顺，Aaron Lun, Gordon Smyth

维护人员:Yunshun Chen

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("RnaSeqGeneEdgeRQL")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“RnaSeqGeneEdgeRQL”)

超文本标记语言

R脚本

从reads到基因到pathway:使用Rsubread和edgeR准似然管道的RNA-Seq实验的差异表达分析

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.21.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，刨边机，gplots，org.Mm.eg.db，GO.db，BiocStyle
进口
链接
建议	knitr，knitcitations，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://f1000research.com/articles/5-1438
全靠我
进口我
建议我
给我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RnaSeqGeneEdgeRQL_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RnaSeqGeneEdgeRQL
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL/
软件包下载报告	下载数据