scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

这是发展scPipe版本;稳定的发布版本,请参阅scPipe。

管道为单细胞RNA-seq数据分析

Bioconductor版本:发展(3.13)

为单细胞RNA-seq数据预处理管道从fastq文件和生产质量控制有关的基因数矩阵的信息。它可以处理fastq由CEL-seq生成的数据,MARS-seq Drop-seq、铬10 x和SMART-seq协议。

作者:Luyi田

维护人员:Luyi田<田。l在wehi.edu.au >

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scPipe”)

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HTML	R脚本	scPipe:灵活的数据预处理管道3 '末端scRNA-seq数据
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,SequenceMatching,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),ggplot2、方法、SingleCellExperiment
进口	Rhtslib,biomaRt,GGally,质量,mclust,Rcpp(> = 0.11.3),重塑,BiocGenerics,robustbase,尺度,跑龙套,统计数据,S4Vectors,SummarizedExperiment,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,stringr,rtracklayer,哈希,dplyr,GenomicRanges,magrittr,胶水(1.3.0 > =版本),rlang,嘘(> = 1.11.0)
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,testthat
建议	Rsubread,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports	https://github.com/LuyiTian/scPipe
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scPipe_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	scPipe_1.13.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	scPipe_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scPipe
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scPipe/
包下载报告	下载数据