GPART

doi：10.18129/b9.bioc.gpart

这是发展GPART的版本；对于稳定版本，请参阅GPART。

通过识别单倍型块对密集测序数据的人类基因组分配

生物导体版本：开发（3.14）

我们提供了一种新的SNP序列分区方法，该方法不仅基于LD块结构，而且还基于基因位置信息来分区整个SNP序列。GPART的LD块构造是使用Big-LD算法进行的，与Kim等人（2017年）中报道的先前版本相比，它具有进一步的改进。我们还添加了一个可视化工具来显示LD热图，其中包含LD块边界和包装中的基因位置的信息。

作者：Sun Ah Kim [AUT，CRE，CPH]，Yun Joo Yoo [AUT，CPH]

维护者：sun ah kim

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: Install（gpart'devel'）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Gpart”）

html	R脚本	您的小插图标题
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，软件
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.5.0），网格，同性恋，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown
进口	Igraph，，，，Biomart，，，，RCPP，，，，Data.Table，，，，有机体，，，，AnnotationDbi，grdevices，统计，utils，基因组机，，，，iranges
链接	RCPP
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gpart_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	gpart_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gpart
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gpart
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gpart/
软件包下载报告	下载统计