enhancerHomologSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.enhancerHomologSearch

这是发展enhancerHomologSearch版本;稳定的发布版本,请参阅enhancerHomologSearch。

识别假定的哺乳动物直接同源的增强剂

Bioconductor版本:发展(3.16)

增强地区得到编码数据通过H3K4me1高峰和同族体区域搜索给定的序列。增强器同族体区域的候选人可以过滤的距离目标TSS。人类和小鼠的热门候选人将彼此对齐,然后导出为多个比对得到增强。

作者:Jianhong Ou (aut (cre),瓦伦蒂娜Cigliola (dtc),肯尼斯·彼得·辛格(曾经)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“enhancerHomologSearch”)

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文档

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HTML	R脚本	enhancerHomologSearch装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐,GeneRegulation,测序,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 4.1.0)方法
进口	BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,BiocParallel,BiocFileCache,GenomeInfoDb,GenomicRanges,httr,IRanges,jsonlite,motifmatchr,矩阵,rtracklayer,Rcpp,S4Vectors统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BSgenome.Drerio.UCSC。danRer10 BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg38 BSgenome.Mmusculus.UCSC。mm10 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38。knownGene org.Hs.eg。db, TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10。knownGene org.Mm.eg.db,MotifDb,testthat,TFBSTools
SystemRequirements
增强了
URL	https://jianhong.github.io/enhancerHomologSearch
BugReports	https://github.com/jianhong/enhancerHomologSearch/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	enhancerHomologSearch_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	enhancerHomologSearch_1.3.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	enhancerHomologSearch_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enhancerHomologSearch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enhancerHomologSearch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/enhancerHomologSearch/
包下载报告	下载数据