MungeSumstats

DOI:10.18129 / B9.bioc.MungeSumstats

这是发展MungeSumstats版本;稳定发布版本请参见MungeSumstats．

标准化GWAS的汇总统计数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

MungeSumstats*包旨在促进GWAS汇总统计的标准化。它将重新格式化输入的汇总统计信息，以包括SNP、CHR、BP，并在缺少这些值时查找它们。它还执行数十个QC和过滤步骤，以确保高数据质量和最小化研究之间的差异。

作者:Alan Murphy [aut, cre]，布莱恩·席尔德[au, ctb]，内森·斯基恩[au]

维护:Alan Murphy

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MungeSumstats")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MungeSumstats”)

超文本标记语言	R脚本	码头工人
超文本标记语言	R脚本	MungeSumstats
超文本标记语言	R脚本	OpenGWAS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics，遗传学，GenomeWideAssociation，GenomicVariation，预处理，单核苷酸多态性，软件，WholeGenome
版本	1.5.13
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	magrittr，data.table跑龙套,R.utils，dplyr统计数据,GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，BSgenome，Biostrings，stringr，VariantAnnotation，googleAuthR，httr，jsonlite、方法、并行rtracklayer，RCurl
链接
建议	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38，BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，BiocGenerics，S4Vectors，rmarkdown，减价，knitr，testthat(> = 3.0.0),UpSetR，BiocStyle，covr，seqminer，Rsamtools，MatrixGenerics，獾，BiocParallel，GenomicFiles
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats
BugReports	https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MungeSumstats_1.5.13.tar.gz
Windows二进制	MungeSumstats_1.5.13.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MungeSumstats_1.5.13.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MungeSumstats
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MungeSumstats
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MungeSumstats/
包下载报告	下载数据