MetaboSignal

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetaboSignal

这是发展MetaboSignal版本;稳定的发布版本,请参阅MetaboSignal。

MetaboSignal:基于网络的方法来覆盖和KEGG探索代谢和信号通路

Bioconductor版本:发展(3.16)

MetaboSignal是一个R包,允许合并、分析和定制KEGG代谢和信号通路。它是一种基于网络的方法来探测基因之间的拓扑关系(信号——或者enzymatic-genes)和代谢物,代表了一个强大的工具来调查代谢表型的遗传景观和监管网络。

作者:安德里亚Rodriguez-Martinez拉斐尔•阿亚拉约兰m . Posma安娜l .七巧板Maryam安瓦尔,杰里米·k·尼科尔森Marc-Emmanuel杜马斯

维护人员:安德里亚Rodriguez-Martinez <安德里亚。rodriguez-martinez13 imperial.ac。英国>,拉斐尔Ayala <拉斐尔。阿亚拉在oist.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MetaboSignal”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MetaboSignal”)

HTML	R脚本	MetaboSignal
HTML	R脚本	MetaboSignal 2:合并KEGG和额外的资源交互
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSignaling,GeneTarget,GraphAndNetwork,KEGG,网络,通路,Reactome,软件
版本	1.27.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3)
进口	KEGGgraph,hpar,igraph,RCurl,KEGGREST,EnsDb.Hsapiens.v75、统计数据、图形,跑龙套,org.Hs.eg.db,biomaRt,AnnotationDbi,MWASTools,mygene
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	MetaboSignal_1.27.1.tar.gz
Windows二进制	MetaboSignal_1.27.1.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	MetaboSignal_1.27.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboSignal
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetaboSignal
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MetaboSignal/
包下载报告	下载数据