atimpute

doi：10.18129/b9.bioc.adimpute

这是发展Adimpute的版本；对于稳定版本，请参阅atimpute。

自适应辍学者（atimpute）

生物导体版本：开发（3.16）

单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）方法通常无法量化单元中所有基因的表达水平，从而需要对缺失值的计算预测（“辍学”）。大多数现有的辍学方法是有限的，因为它们专门使用手头的SCRNA-Seq数据集并且不利用外部基因关系信息。在这里，我们提出了两种新颖的方法：一种基于基因调节网络的方法，使用从外部数据中学到的基因基因关系和对应于样品平均值的基线方法。Adimpute可以实施这些新颖的方法，还可以将它们与现有的插补方法（当前支持：Drimpute，Saver）相结合。Adimpute可以学习每个基因的最佳性能方法，并将不同方法的结果结合到合奏中。

作者：Ana Carolina leote [CRE，AUT]

维护者：ana carolina leote

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ adimptute”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ adimptute”）

html	R脚本	adimptute教程
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	基因表达，，，，网络，，，，预处理，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	检查员，，，，生物比较，，，，Data.Table，，，，乱七八糟，，，，克恩拉布，，，，大量的，，，，矩阵， 方法，RSVD，，，，S4VECTORS，，，，储蓄者，，，，Singlecellexperiment，统计总结性特征，UTILS
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/anacarolinaleote/adimpute/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	adimpute_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	adimpute_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	adimpute_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/adimpute
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/atimpute
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/adimpute/
软件包下载报告	下载统计