BSSeq.

DOI：10.18129 / b9.bioc.bsseq.

分析，管理和存储Bisulfite测序数据

Bioconductor版本：释放（3.13）

用于分析和可视化Bisulfite测序数据的工具集合。

作者：Kasper Daniel Hansen [Aut，Cre]，Peter Hickey [Aut]

维护者：Kasper Daniel Hansen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！procenameSpace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“bsseq”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	使用BSSeq分析WGBS数据
HTML.	r script.	BSSeq用户指南
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	德甲基化那软件
版本	1.28.0
在生物导体中以来	BIOC 2.11（R-2.15）（8.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 4.0），方法，生物根系那Genomicranges.（> = 1.41.5），概括分析（> = 1.19.5）
进口	绞喉（> = 2.23.9），Genomeinfodb.那秤，统计，图形，BioBase.那Locfit.那GTOOLS.那data.table.（> = 1.11.8），S4Vectors.（> = 0.27.12），R.utils.（> = 2.0.0），delayedmatrixstats（> = 1.5.2），换乘那林马那delayedarray（> = 0.15.16），rcpp.那生物相投那bsgenome.那生物仪器，实用，HDF5Array.（> = 1.19.11），RHDF5.
链接到	rcpp.那海滩日
建议	testthat.那bsseqdata.那生物焦那RAMAMAMDOW.那kn那矩阵那多达齐全那rtracklayer.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38那海滩日（> = 1.5.2），Batchjobs.
系统要求	C ++ 11.
加强
URL.	https://github.com/kasperdanielhansen/sseq.
Bugreports.	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues.
取决于我	Biscuiteer.那bsseqdata.那DMRSEQ.那DSS.
进口我	dmrcate.那Methcp.那Methylcc.那甲基氏那米拉那nanomethviz那抚慰那tcgawgbsdata.hg19.
建议我	methrix.那tissuetreg.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	bsseq_1.28.0.tar.gz.
Windows二进制文件	bsseq_1.28.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	bsseq_1.28.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/bsseq.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ BSSeq
包短网址	https://biocumon.org/packages/bsseq/
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