Bioconductor版本:发行版(3.16)
该包提供了流行的bowtie2测序读取对齐器和AdapterRemoval的R包装器,这是一种用于快速调整适配器、识别和读取合并的方便工具。该包包含包装函数,允许基因组索引和对准这些索引。这个包还允许通过Rsamtools创建.bam文件。
作者:郑伟[aut, cre],张伟[aut]
维护者:郑伟< wzwezheng at qq.com>
引文(从R内,输入引用(“Rbowtie2”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“Rbowtie2”)
超文本标记语言 | R脚本 | rbowti2简介 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,预处理,测序,软件 |
版本 | 测试盒框 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
许可证 | GPL (>= 3) |
取决于 | R (>= 4.1.0) |
进口 | magrittr,Rsamtools |
链接 | |
建议 | knitr,testthat(> = 3.0.0),rmarkdown |
SystemRequirements | c++ 11, GNU make, samtools |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | CircSeqAlignTk,esATAC,UMI4Cats |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | Rbowtie2_2.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | Rbowtie2_2.4.0.zip(64位) |
macOS二进制文件(x86_64) | Rbowtie2_2.4.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2 |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rbowtie2 |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/Rbowtie2/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/Rbowtie2/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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Bioconductor
支持»
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