MethReg

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethReg

评估DNA甲基化区域或位点对基因转录的调节潜力

Bioconductor版本:发行版(3.13)

表观全基因组关联研究(EWAS)检测到大量的DNA甲基化差异，通常有数百个甲基化差异区域和数千个cpg，这些差异区域与疾病显著相关，许多位于非编码区域。因此，我们迫切需要更好地了解这些CpG甲基化的功能影响，并进一步优先考虑这些重大变化。MethReg是一个R包，用于DNA甲基化、靶基因表达和转录因子结合位点数据的整合建模，以系统地识别和排序功能性CpG甲基化。MethReg使用匹配的甲基化和基因表达数据，以及基于手动管理、ChIP-seq实验或基因调控网络分析的外部tf -靶点相互作用数据库，评估、优先级和注释具有高调控潜力的CpG位点。

作者:Tiago Silva [aut, cre]，王丽丽[aut]

维护者:Tiago Silva

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MethReg")

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文档

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browseVignettes(“MethReg”)

超文本标记语言	R脚本	MethReg:估计基因转录中DNA甲基化的调节潜力
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细节

biocViews	表观遗传学,GeneExpression,GeneTarget,MethylationArray,回归,软件,转录
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	dplyr,plyr,GenomicRanges,SummarizedExperiment,DelayedArray,ggplot2,ggpubr,宠物猫,tidyr,S4Vectors,sesameData,stringr,readr，方法，统计，矩阵,质量,rlang,pscl,IRanges,sfsmisc,进步,跑龙套
链接
建议	rmarkdown,BiocStyle,testthat(>= 2.1.0)，平行，下载器,R.utils,doParallel,reshape2,JASPAR2020,TFBSTools,motifmatchr,matrixStats,biomaRt,多萝西娅,毒蛇,经验丰富的人,BiocFileCache,png,htmltools,knitr,jpeg,芝麻,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/TransBioInfoLab/MethReg/issues/
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MethReg_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	MethReg_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MethReg_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethReg
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethReg
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MethReg/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.13的旧源包	源存档