LymphoSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.LymphoSeq

分析T和B细胞受体的高通量测序

Bioconductor版本:Release (3.15)

该R包分析了由Adaptive Biotechnologies的ImmunoSEQ法生成的T和B细胞受体互补决定区3 (CDR3)序列的高通量测序。它的输入来自于从ImmunoSEQ分析器导出的制表符分隔值(.tsv)文件。

作者:David Coffey

维护者:David Coffey

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“LymphoSeq”)

超文本标记语言	R脚本	T和B细胞受体的高通量测序分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，MultipleSequenceAlignment，测序，软件，TargetedResequencing，技术
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，LymphoSeqDB
进口	data.table，plyr，dplyr，重塑，维恩图，ggplot2，ineq，RColorBrewer，circlize，网格，utils，统计，ggtree，msa，Biostrings，phangorn，stringdist，UpSetR
链接
建议	knitr，pheatmap，wordcloud，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	LymphoSeq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	LymphoSeq_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	LymphoSeq_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LymphoSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LymphoSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/LymphoSeq/
软件包下载报告	下载数据