Bioconductor版本:发行版(3.16)
转录组中罕见异常剪接事件的检测。读计数比预期由一个自动编码器建模,以控制数据中的混杂因素。给定这些期望,假定比值遵循具有结比色散的-二项分布。然后将异常事件识别为明显偏离此分布的读计数比率。FRASER能够检测到替代剪接,但也含有内含子保留。该软件包旨在支持罕见疾病领域的诊断,在这些领域中,RNA-seq被用于识别异常的剪接缺陷。
作者:Christian Mertes [aut, cre], Ines Scheller [aut], Vicente Yepez [ctb], Julien Gagneur [aut]
维护者:Christian Mertes < Mertes at in.tum.de>
引用(从R中,输入引用(FRASER)
):
要安装此包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("FRASER")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes (FRASER)
R脚本 | 弗雷泽:在RNA-seq数据中找到罕见的剪接偶数 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | AlternativeSplicing,报道,遗传学,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.10.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | BiocParallel,data.table,Rsamtools,SummarizedExperiment |
进口 | AnnotationDbi,BBmisc,Biobase,BiocGenerics,biomaRt,BSgenome,cowplot,DelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStats,extraDistr,泛型,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRangesgrDevices,ggplot2,ggrepel,HDF5Array,matrixStats、方法、先驱者,pcaMethods,pheatmap,情节,PRROC,RColorBrewer,rhdf5,Rsubread,R.utils,S4Vectors统计数据,宠物猫、工具、跑龙套VGAM |
链接 | Rcpp,RcppArmadillo |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,covr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/gagneurlab/FRASER |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | FRASER_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | FRASER_1.10.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | FRASER_1.10.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | FRASER_1.9.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/弗雷泽 |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/FRASER/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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支持»
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