DEGreport

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGreport

DEG分析报告

Bioconductor版本:发布(3.12)

创建计数数据的差分表达式分析的HTML报告。它整合了DESeq2和edgeR vignettes中提到的一些代码，并根据每个选择的基因的fold changes mean和可变性报告了一个基因排序列表。

作者:Lorena Pantano, John Hutchinson, Victor Barrera, Mary Piper, Radhika Khetani, Kenneth Daily, Thanneer Malai Perumal, Rory Kirchner, Michael Steinbaugh

维护人员:Lorena Pantano < Lorena。淡水沼泽gmail.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEGreport")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DEGreport”)

超文本标记语言	R脚本	差异表达RNA-seq的QC和下游分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	跑龙套、方法Biobase,BiocGenerics,扫帚,circlize,ComplexHeatmap,cowplot,ConsensusClusterPlus,集群,DESeq2,dplyr,刨边机,ggplot2,ggdendro、网格ggrepelgrDevices,knitr,日志记录,lasso2,magrittr,喷嘴。R1,心理,RColorBrewer,重塑,rlang,尺度统计数据,stringr,S4Vectors,SummarizedExperiment,tidyr,宠物猫
链接
建议	BiocStyle,AnnotationDbi,limma,pheatmap,rmarkdown,statmod,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://lpantano.github.io/DEGreport/
BugReports	https://github.com/lpantano/DEGreport/issues
取决于我
进口我	isomiRs
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	DEGreport_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	DEGreport_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DEGreport_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGreport
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEGreport
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEGreport/
包下载报告	下载数据