后代

DOI:10.18129 / B9.bioc.progeny

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见后代．

从基因表达推断活性的通路响应基因

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了一个使用PROGENy从基因表达推断途径活性的功能。它包含我们在“扰动响应基因揭示癌症基因表达中的信号足迹”出版物中推断的线性模型。

作者:Michael Schubert [aut]， Alberto Valdeolivas [ctb]——克里斯蒂安·h·霍兰德[ctb]，伊戈尔·布拉诺夫[ctb]， Aurélien杜古尔德[cre, ctb]

维护者:Aurélien Dugourd

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“后代”)

超文本标记语言	R脚本	将PROGENy应用于单细胞RNA-seq数据
超文本标记语言	R脚本	PROGENy通路特征:在大容量转录组学中的应用
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneRegulation，软件，SystemsBiology
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	Apache License(== 2.0) |文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	Biobase统计数据,dplyr，tidyr，ggplot2，ggrepel，gridExtra
链接
建议	气道，biomaRt，BiocFileCache，扫帚，修拉，SingleCellExperiment，DESeq2，BiocStyle，knitr，readr，readxl，pheatmap，宠物猫，rmarkdown，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/progeny
BugReports	https://github.com/saezlab/progeny/issues
全靠我
进口我	更容易
建议我	mistyR
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	progeny_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	progeny_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	progeny_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/progeny
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/子代
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/progeny/
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