anota2seq

DOI:10.18129 / B9.bioc.anota2seq

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见anota2seq．

使用anota2seq一般适用于转录组范围的翻译效率分析

Bioconductor版本:3.14

anota2seq提供翻译效率分析和差异表达分析，用于通过RNA测序或dna微阵列量化的多聚体分析和核糖体分析研究(两个或多个样本类别)。多聚体分析和核糖体分析通常生成两种RNA来源的数据;翻译的mRNA和总mRNA。差异表达分析用于估计每个RNA源(即翻译的mRNA或总mRNA)内的变化。分析翻译效率的目的是确定翻译效率的变化导致蛋白质水平的改变，而这些改变不依赖于总mRNA水平(即翻译的mRNA的变化不依赖于总mRNA水平)或缓冲(一种调节翻译效率的机制，使蛋白质水平保持不变，尽管总mRNA水平波动(即总mRNA的变化不依赖于翻译的mRNA水平)。Anota2seq应用偏方差分析和随机方差模型来完成这些任务。

作者:Christian Oertlin < Christian。欧特林在基。se>，朱莉洛伦特<朱莉。Lorent at kiss .se>，Ola Larsson

维护者:Christian Oertlin < Christian。欧特林在基。se>，朱莉洛伦特<朱莉。Lorent at kiss .se>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("anota2seq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“anota2seq”)

PDF	R脚本	使用anota2seq一般适用于转录组范围的翻译效率分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，GenomeWideAssociation，ImmunoOncology，微阵列，归一化，RNASeq，回归，测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.4.0)，方法
进口	乘，qvalue，limma，DESeq2，刨边机，RColorBrewer， grDevices，图形，统计，utils，SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	anota2seq_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	anota2seq_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	anota2seq_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/anota2seq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/anota2seq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/anota2seq/
软件包下载报告	下载数据