常见的生物导体方法和类

强烈建议重用导入数据的现有方法以及重用已建立的类和功能，而不是创建“新建”或重复代码。以下是导入不同文件类型和常用的一些建议生物体课程。对于更多课程和功能，也尝试搜索Biocviews.对于您的数据类型。

输入

• GTF，GFF，床，Bigwig，...
  rtracklayer :: Import（）
  
  
• Fasta.
  Biostrings :: ReadDnastringset（）
  
  
• 山姆/巴姆
  RSAMTOOLS :: SCANBAM（）
基因管理:: Readgalignment *（）
  
  
• VCF.
  VariantAnnotation :: ReadVCF（）
  
  
• FASTQ.
  Shortread :: ReadFastQ（）
  
  
• MS数据（基于XML和MFG格式）
  msnbase :: ReadmsData（）
MSNBASE :: READMGFDATA（）

普通课程

• DNA / RNA / AA序列
  Biostrings :: * stringset（）
  
  
• 遗传学
  GSEABase :: Geneset（）
GSEABase :: GenesetCollection（）
  
  
• 基于1个，闭合间隔基因组坐标
  Genomicranges :: Granges（）
  
  
• 矩形Freature X样本数据（RNASEQ Count Matrix，MicroArray，...）
  摘要分析::摘要（）
  
  
• 多个OMICS数据
  MultiAsaySayexperiment :: multiassayexperiment（）
  
  
• 单个细胞数据
  SingleCellexPeriment :: SingleCellexPeriment（）
  
  
• 质量规范数据
  msnbase :: msnexp（）