biocViews

介绍

添加到Bioconductor项目需要biocViews:字段在它们的描述文件中。字段名“biocViews”是大小写敏感的，必须以小写“b”开头。

biocViews术语是用来描述给定包的“关键字”。它们大致分为三类，代表了在包装中呈现的类型Bioconductor项目- - - - - -

1. 软件

2. 注释数据

3. 实验数据

的biocViews可用释放和重击的分支机构Bioconductor。devel分支在树结构下有一个复选框，选中该复选框时，会显示除正在使用的biocViews外，任何包都定义了biocViews，但没有使用它。

动机

我们可以将biocViews用于两个广泛的用途。

1. 一个研究人员可能想要识别所有的包Bioconductor与特定目的相关的项目。例如，一个人可能想要查找所有与“拷贝数变体”相关的包。

2. 在开发过程中，包贡献者可以使用biocViews“标记”他们的包，这样当有人寻找包时(如场景1中)就可以轻松地找到他们的包。

新包开发期间的biocViews

参观重击在将biocViews添加到新包的过程中创建biocViews的分支。从层次结构中确定尽可能多的术语。更喜欢在层次结构的末尾使用“叶子”术语，而不是更具包容性的术语。记得选中显示所有可用条款的复选框。

请注意:

1. 您的包裹将只属于其中的一部分Bioconductor项目(软件、注释数据或实验数据)，因此只从该类别中选择biocViews。

2. 包中列出的biocViews必须与biocViews层次结构中的术语完全匹配(例如，拼写、大小写)。

当您提交新包进行审查时，您的包将被检查和构建Bioconductor项目。我们检查以下biocViews:

1. 包贡献者已经添加了biocViews。

2. biocViews是有效的。

3. Package contributor只从一个类别添加了biocViews。

如果您在提交了包之后收到了这些biocViews的“推荐”方向，您可以尝试按照这里给出的方向自行纠正它们，或者向包审查人员询问更多信息。