timescape

DOI:10.18129 / B9.bioc.timescape

患者克隆时间

Bioconductor版本:发行版(3.16)

TimeScape是一个用于导航时序克隆进化数据的自动化工具。这个实现的关键属性包括克隆的枚举、它们的进化关系以及它们随时间的变化动态。TimeScape需要两个输入:(i)克隆系统发育和(ii)克隆流行率。TimeScape可选地接受在每个克隆中观察到的目标突变及其随时间变化的等位基因流行率的数据表。输出的是TimeScape图，垂直显示克隆流行率，水平显示时间，以及在肿瘤缩小事件期间可选编码肿瘤体积的图高。在每个采样时间点(用一条模糊的白线表示)，每个无性系的高度准确地反映了其流行比例。这些流行度形成贝塞尔曲线的锚点，直观地表示时间点之间的动态转换。

作者:Maia Smith [aut, cre]

维护者:Maia Smith < maiaannessmith at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

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超文本标记语言	R脚本	科幻故事——
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文本		自述

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)
进口	htmlwidgets(> = 0.5),jsonlite(> = 0.9.19),stringr(> = 1.0.0),dplyr(> = 0.4.3),gtools(> = 3.5.0)
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	timescape_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	timescape_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	timescape_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	timescape_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/timescape
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/timescape
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/timescape/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/timescape/
软件包下载报告	下载数据