片段

doi：10.18129/b9.bioc.sementseq

从高通量测序数据中识别小RNA基因座的方法

生物导体版本：版本（3.13）

高通量测序技术允许生产大量的短序列，可以将其与基因组排列，以创建与基因组的一组匹配。通过寻找匹配密度高的基因组区域，我们可以推断将基因组分割为生物学意义的区域。此软件包中的方法允许考虑重复数据，以创建共识分割，同时从多个样本中分割数据。这在许多类别的测序实验中具有明显的应用，特别是在发现小的RNA基因座和新型mRNA转录组发现中。

作者：Thomas J. Hardcastle

维护者：thomas J. Hardcastle

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ segmentSeq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ segmentSeq”）

PDF	R脚本	片段：小RNA基因座检测
PDF	R脚本	SegmentsSeq：甲基化基因座鉴定
PDF		参考手册

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	2.26.0
在生物导体中	Bioc 2.6（R-2.11）（11年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.0.0），方法，贝塞克（> = 2.9.0），S4VECTORS， 平行，基因组机，，，，Shortread，统计
进口	rsamtools，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，图形，grdevices，utils，艾宾
链接
建议	生物使用，，，，生物基因
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	segmentseq_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	segmentSeq_2.26.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	segmentseq_2.26.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sementseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/segmentseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sementseq/
软件包下载报告	下载统计